この神社は、立戸地区の最も高いところにあり、かつて江戸時代には「黄幡社」と呼ばれていました。

主神として土の神の埴安彦神（はにやすひこのかみ）を祀っていましたが、明治元年、神仏分離令・廃仏毀釈などにより、信仰の形も変わっていく中で、立戸の村人たちは｢真幡神社｣に改名したと言われています。

古事記には、「埴安彦神」は、「イザナミ」が火の神「カグツチ」を生み、火傷をして病に伏していたとき、その大便から生まれたとあり、明治になり、汚らしい神と考えられるようになったようです。

現在は、相殿神として、宗像三女神（市杵嶋姫命・田心姫命・多岐津姫命）と摂末社（＝豊秋社）の大己貴神（おおなむちのかみ）、疫神社の須佐鳴神（すさのおのかみ）、秋葉社の可遇土神（かぐつちのかみ）が祀られています。